Amerikansk nakenterrier ble fra 1999 regnet som en hårløs varietet av amerikansk rotteterrier, som da fikk anerkjennelse av United Kennel Club i USA. The Kennel Club i Storbritannia anerkjente imidlertid nakenterrieren som en egen rase fra 1. januar 2004. Ingen av de er imidlertid anerkjent av FCI.

Rasen oppsto da det i 1972 ble født et kull med rotteterriere i Louisiana i USA, der en tispevalp var hårløs. Edwin og Willie Scott, som eide kullet, likte godt den hårløse valpen, og de bestemte seg senere for å bruke den i avl, etter at den ble voksen. Håpet var å få fram flere hårløse valper, noe som resulterte i at det i 1981 ble født et kull med flere hårløse individer, som siden dannet grunnlaget for amerikansk nakenterrier.

En interessegruppe dannet den første raseklubben i USA i 1983 og kalt den American Hairless Terrier Association. Denne foreningen har siden jobbet med å konsolidere hårløsterrieren og gjøre den til en homogen rase, men tanke på å få den internasjonalt anerkjent. Som sådan er fortsatt ikke stamboken stengt, slik at en må påregne at blodslinjer fra vanlig rotteterrier fortsatt vil bli benyttet for å styrke det genetiske grunnlaget for rasen.