Rasen oppsto rundt 1870, da Robert C. Hooper fra Boston kjøpte en hund som kalles Hooper's Judge, som var av bull- og terrieravstamning. Judges avstamning er ikke kjent, men Hooper's Judge er enten direkte relatert til de opprinnelige bull- og terrierraser fra 1700-tallet og tidlig 1800-tall, eller den er resultatet av Engelsk Bulldog som har blitt krysset inn terriere i 1860-årene for å skape en utstillingshund, slik som White Engelsk Terrier.

Judge veide over 13.5 kg. Deres avkom ble krysset med en eller flere French Bulldogs. Dette ga grunnlaget for bostonterrier. Avlet ned i størrelse fra hunder av bull og terriertyper, veide bostonterrieren opprinnelig opptil 20 kg. (Olde Boston Bulldogge). Rasen ble først vist i Boston i 1870. I 1889 var rasen blitt tilstrekkelig populær i Boston til at tilhengere dannet American Bull Terrier Club. Men det foreslåtte navnet på rasen ble ikke godt mottatt av Bull Terrier tilhengerne. Etter forslag av James Watson (en fremstående skribent og autoritet), skiftet klubben navn til Boston Terrier Club og i 1893 ble klubben inntatt som medlem i American Kennel Club. Dermed var den første amerikanske rasen opprettet. Den er én av et lite antall raser som har sin opprinnelse i USA. Bostonterrier var den første ikke-sportslige hund som har sin opprinnelse i USA.

I de tidlige årene, var ikke farge og tegninger så veldig viktig, men på 1900-tallet ble rasens karakteristiske tegninger og farger skrevet inn i standarden, og ble dermed en viktig faktor. Med terrier bare i navnet, har bostonterrieren mistet mesteparten av sitt nådeløse ønske om vold og kamp, og foretrekker selskap av mennesker, selv om enkelte hannhunder fortsatt vil utfordre andre hunder dersom de føler at deres territorium blir krenket.

Boston Terriers var spesielt populære på 1920-tallet i USA.