Den opprinnelige afghaneren (afghansk aboriginal) oppsto trolig i grensestrøkene mellom Afghanistan, Pakistan og India, der den fortsatt finnes i en rekke lokale varianter og er kjent under en rekke navn, som for eksempel balkh tazi, barutzy hound, baluchi hound og kabul tazi. Kynologene tror den må ha kommet dit fra mer sentrale strøk i Orienten, men dette er kun en teori. I disse strøkene finnes den også som en korthåret variant.

De afghanske myndene vi kjenner fra Europa er kun en vestlig variant av de opprinnelige hundene som kom hit. I all sin prakt er disse avlet for sitt eksteriør, og kan ikke sammenlignes med de afghanere vi finner i Afghanistan. Om man ønsker seg er hund av mer opprinnelig type, bør man derfor kikke på en av de tre variantene vi kjenner som bakhmull, khalag tazi og kyrgyz taigan.

Hvor gammel afghaneren er vet ingen med sikkerhet, men den er trolig svært gammel i sin opprinnelse. Lignende hunder har blitt avbildet i grottetegninger i Afghanistan som dateres tilbake ca. 4.000 år i tid, så trolig må rasen som sådan ha oppstått for omkring 5.000 år siden. Den er altså opprinnelig en av våre eldste hunderaser av type.

Noen mener denne hunden kom til Afghanistan fra Midtøsten en gang i tiden, og at den har et felles opphav med saluki, sloughi og azawakh. Moderne forskning med DNA har imidlertid vist at et slikt felles opphav ikke er særlig nært. Afghaneren står sloughi og azawakh genetisk nærmere enn den gjør saluki, men allikevel så fjernt at man ikke kan snakke om et reelt slektskap i vår terminologi. Afghaneren er også nærmere beslektet med ulv enn hva saluki er, noe som sannsynligvis også gjør den eldre som hund (Heidi G. Parker m.fl.[1], 2004). Studien viser også at afghaneren i en viss grad er beslektet med molossere, om en i liten grad.

De første afghanerne kom til Europa mot slutten av 1800-tallet, men rasen kan ikke regnes som etablert her før etter første verdenskrig. Storbritannia regnes i dag som rasens hjemland og står ansvarlig for rasestandarden.