Mange kynologer hevder at napolitansk mastiff kan regne sine røtter tilbake til 100-tallet etter Kristus, da den skal ha utgått fra tibetansk mastiff gjennom en stor romersk molosser som ble beskrevet av Columella på denne tiden. Napolitansk mastiff skal ha vært en kamphund romerne bruke mye under sine erobringer i Europa. Noen hevder også at Alexander den Store skal ha fått to slike hunder av den asiatiske kongen Porus, som han slo i et slag i det nordre India i 326 e.Kr. Der er imidlertid slik at det ikke finnes dokumentasjon som støtter disse utsagnene, selv om nok rasen trolig er meget gammel.

Faktum er at denne hunden i meget stor grad mangler likhet med tibetansk mastiff, som gir et ganske annet uttrykk. Med alle sine hudfolder og de enorme hengeleppene har den større visuell likhet med shar pei og blodhund, men er slikt slektskap er heller ikke dokumentert.

Dagens napolitanske mastiffer er imidlertid et resultat av arbeider utført i Italia på 1940-tallet, da rasen kan sies å ha blitt gjenoppdaget nær Napoli. Det er fra denne hendelsen den har fått navnet sitt.